一.公司稅務異常的原因：
1.如果不按時記賬和納稅申報，公司沒有實際經營并不意味著不需要記賬和納稅申報。一旦長時間不記賬和納稅申報信息，就會出現異常。這樣，當公司有實際操作時，就不能開具發票；
2.長期零申報一般不經營，即使在企業虧損期，也會選擇零申報；零申報實際上是一件很常見的事情，但如果長期零申報，可能會納入稅收“走逃戶”，嚴重的還會被檢查。連續6個月零申報，稅務機關可以吊銷稅務登記證，個別稅務機關將按無效戶處理；
3.如果公司地址變更不進行工商登記，主管稅務機關不重新分配，影響納稅申報，導致公司稅務異常；
4.法律禁止逃稅；一旦稅務局發現公司有逃稅行為，將對公司進行處罰；在，公司的稅務信息將顯示異常。
二.處理企業稅務問題的方法：
1.企業提供解釋稅務異常和解除稅務異常的正當理由；
2.未付款的，可以通過申報表作廢原申報，然后重新申報；已付款的，納稅人可以通過申報錯誤更正功能進行更正。申報錯誤更正后，系統將根據前后申報信息自動判斷退款金額；
（1）退款金額為正，系統自動產生差額稅。納稅人可以在付款期內通過付款功能繳納稅款，但超過付款期限的，需要到大廳繳納；
(二)應補退金額為負，即多繳稅款，納稅人應當向主管稅務機關申請辦理退稅手續；
(3）如果補償金額為零，系統將自動調整申請數據，納稅人無需繳納稅款或辦理退稅手續。
3.稅務服務廳收到申請材料，檢查納稅人提交的材料是否齊全.是否符合法定形式、接受、拒絕，并告知納稅人更正信息或接受的原因（部分地區需要提供租賃合同.租賃憑證或現場使用證及近3個月的水電費文件)；
四、有關部門調查核實有關情況；
5.納稅人補充申報.補繳稅款.滯納金.罰款；
6.稅務服務廳根據管理部門的反饋，向納稅人補充申報.補繳稅款.滯納金.罰款后，納稅人處于異常狀態；
7.對已公布其稅務登記證無效的納稅人收取原稅務登記證，并重新發放稅務登記證。